Johann Michael Henkel kam am 18. Juni 1780 in Fulda als Sohn von Andreas Henkel und der Juliana geb. Fuchs zur Welt.

Henkels Vater stand als Mitglied der Hofkapelle und als Kammerdiener im Dienst des letzten Fuldaer Fürstbischofs Adalbert III. von Harstall (reg. 1788–1802). Wie sein Vater wurde Michael schon bald als Violinist Bestandteil des Hoforchesters. Dank seines großen musikalischen Talents fand Michael mit der Stelle eines Kantors am Fuldaer Dom (1804) und an der Stadtpfarrkirche (1806) ein neues Betätigungsfeld. Auch als Musiklehrer am Lehrerseminar und als Organist am Gymnasium beeinflusste Henkel eine Generation von Schülern, was am deutlichsten in seinen Liedern für Elementarschulen zum Ausdruck kommt, die überall in Kurhessen gespielt wurden.

Bleibendes hinterließ Henkel neben den Schulgesängen in seinen Kompositionen, darunter zahlreiche Orgel- und Klavierstücke, Werke der Kammermusik und Lieder. Langfristig bedeutsam war auch sein vierstimmiges Choral-Melodienbuch zu dem Fuldaer Diözesan-Gesangbuch (1804). Für Fuldas ersten weltlichen Herrscher, den Fürsten und späteren niederländischen König Wilhelm Friedrich von Nassau-Oranien (reg. 1802–1806), vertonte Henkel ein von August Gottlieb Meißner (1753-1807) erstelltes Lobgedicht „Wachse hoch, Oranien“, das in den Niederlanden eine große Popularität erlangte. Auf Henkel gehen auch die Gründung eines weltlichen Konzertchors (1813) und des Oratorienvereins „Cäcilia“ (1837) zurück.

Verheiratet war Michael Henkel in erster Ehe seit 1802 mit Maria Barbara Caritas Zahn (1783–1818), der Tochter des Stadtkantors Sebastian Zahn. Nach dem frühen Tod seiner ersten Frau heiratete er 1820 deren Schwester Barbara Maria Josepha Zahn (1780–1828). Aus den beiden Ehen gingen zehn Kinder hervor. Unter ihnen waren auch Musiker wie Georg Andreas (1805–1871) und Dr. Heinrich Henkel (1822–1899).