Emil von Apell wurde als erstes von drei Kindern der Eltern Friedrich Wilhelm und Emilie von Appel (damals noch in anderer Schreibweise) in Kassel geboren. Sein Vater war Leutnant, später Oberst und Flügeladjutant. Beide Eltern liegen zusammen mit ihrem Sohn im Grab am Alten Städtischen Friedhof.

Zunächst ging es im Jahre 1884 für die gesamte Familie von Kassel nach (Bad) Arolsen. Emil nahm an der Kadettenkorpserziehung in Oranienstein und Lichterfelde teil. Die Beförderung zum Leutnant erfolgte am 18. August 1898.

Emil von Apell nahm an der China-Expedition 1900/1901 zur Niederschlagung des Boxer-Aufstandes teil. Zurück in Deutschland trat er wieder in sein altes Regiment ein. 1902 wurde er in das Husaren-Regiment Landgraf Friedrich II. von Hessen-Homburg nach Kassel versetzt. Nach Ausbruch des Herero-Aufstands trat er schließlich im Januar 1905 in die Schutztruppe von Deutsch-Südwestafrika ein. Mit dem Schiff „Ernst Woermann“ reiste er nach Swakopmund im heutigen Namibia und kam dort am 26. Juli 1905 an. Er wurde der 3. Etappenkompanie zugeteilt und später in das 2. Feld-Regiment versetzt.

In seinem Biwak liegend starb Emil von Apell am 8. September nördlich von Geitsabis an einem Herzschlag. Diese Todesursache wird in den amtlichen Verlustlisten sowie in der Deutsch-Südwestafrikanischen Zeitung vom 20. September 1905 genannt. Im Bereich der ehemaligen Schutztruppenstation Kub befindet sich ein kleiner Friedhof mit Gräbern von Angehörigen der deutschen Schutztruppe. Dort ist auch ein Grabstein mit der Inschrift: „Hier ruht Leutnant Emil von Appel, gest. 8.9.1905 i. Geitsabis“ zu finden. Der Nachname wurde im Original falsch geschrieben. Dies deutet auf eine Bestattung in Kub hin.

Die Leiche des Leutnants von Apell, welcher früher dem Hessen-Homburg-Husaren-Regiment in Kassel angehörte und bei der Schutztruppe in Deutsch-Südwestafrika seinen Tod fand, wurde nach Deutschland überführt und heute in Fulda im Erbbegräbnis der Familie auf dem alten Friedhof beigesetzt. Folglich wurde Emil nach seiner Beisetzung exhumiert und nach Deutschland überführt